Microsoft 365のサービスの一つであるExchange Onlineには、標準でExchange Online Protecitonと呼ばれる機能が付随し、スパムやマルウェアによる攻撃に対するセキュリティを担っています。

インターネットから受信したメールは
接続フィルター
  ↓
マルウェアフィルター
  ↓
トランスポートルール
  ↓
スパムフィルター
  ↓
メールボックス

という経路を辿ってメールボックスに配送されます。
参考：Exchange Online Protectionの概要
https://docs.microsoft.com/ja-jp/microsoft-365/security/office-365-security/exchange-online-protection-overview

この時、ジャーナルレポートの作成はどのステップで行われるでしょうか？

答えは「トランスポートルール」と「スパムフィルター」の間です。
これは、それまでのルールも含めた何層かのフィルターで検疫され削除されたメールはジャーナルされないことを意味しています。
これらのメールはユーザーのメールボックスには配送されないものなので、妥当な動作と言えるかと思います。
ここで注意するべきなのは、スパムフィルターの挙動を「マークをつける」ではなく「削除」に変更した場合。
この場合、メールはスパムフィルターまで通り抜けてきているので、「ユーザーメールボックスに配送はされないが、ジャーナルレポートは作成される」という挙動になります。

挙動をしっかり理解し、対象となる範囲を把握しておくことが大事ですね。